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  12月2日至6日,在中科院上海分院系统专业技术短期培训项目的指导与资助下,上海营养与健康研究所生物医学大数据中心携手上海市生物信息学会在沪举办了为期五天的“大数据时代的全基因组关联分析:从基因组到表型组的多组学研究新技术”培训班。来自于中科院系统内研究所、复旦大学、上海交通大学、北京大学、浙江大学、澳门大学等91个单位的356位科研人员及在读研究生参加了培训。培训班由生物医学大数据中心青年研究员黄涛主持,生物医学大数据中心首席科学家赵国屏院士和研究所学术所长李林院士分别为学员带来了开场主旨报告和培训班结班总结。

  12月2日,汪思佳副所长代表所领导班子做了开班动员,对广大学员提出了三点希望,一是希望大家能常学常新,二是希望大家注重专业技术的培养,三是希望大家深入理解数据驱动型建制化研究。随后,赵国屏院士做了开场主旨报告《“大数据”时代为“小科学”服务的生物信息学——背景、思考和建议》,解读了诺贝尔奖获得者Renato Dulbecco于1986年在Science上发表的人类基因组测序短文,指出了人类基因组计划的划时代意义,回顾了2001年遗传性乳光牙本质致病基因DSPP和2002年遗传性儿童白内障致病基因HSF4的发现历程,总结了2003年SARS分子流行病学和病毒进化研究的经验教训。12月4日,生物医学大数据中心主任李亦学研究员在线以《科学大数据分析在健康领域中的应用——数据密集型科学研究的新范式对生物信息学的新要求》为题向培训学员作了专题报告,报告内容紧扣科研热点,展示了由大数据驱动结合人工智能手段在新冠病毒演化预测预警工作中发挥的作用。12月6日,营养与健康所学术所长李林院士做了结班总结致辞,祝贺培训圆满结束,同时对今后的培训工作提出了要求,希望能够干湿结合,吸引更多实验科研人员加入,形成品牌效应,越办越好。

  为了满足广大学员的热切愿望,培训在线下和线上同步开展。秉持开放合作的原则,除了来自营养与健康所的17位报告人,培训班还邀请了来自复旦大学、上海交通大学、广州实验室、英国诺和诺德牛津研究中心、美国明尼苏达大学等15家国内外单位的23位报告人。讲课内容包括全基因组关联分析(GWAS)、表观基因组关联分析(EWAS)、UK Biobank人群大队列分析、国际人类表型组计划、自然人群遗传多样性、泛基因组分析、孟德尔随机化分析、基因组结构变异、染色体构象分析、DNA甲基化、RNA甲基化、eQTL/mQTL调控网络、知识图谱、癌症多组学整合分析、单细胞多组学、深度学习和生物医学人工智能等。报告主题涉猎广泛,与学员的日常科研息息相关,课堂分享的内容实用性很强。

  本次培训班增进了学员对营养与健康所生物医学大数据中心数据资源(组学数据百科全书NODE)和在线数据分析工具(精准医学可视化集成分析平台VIPMAP和微生物集成分析云平台iMAC)的了解,宣传了生物医学大数据中心和所内外课题组合作开发的组学数据平台(PGG.MHC,PGG.SV,PGG.Han 2.0和dbDEMC 3.0),58名学员在线填写了数据服务需求调研问卷,真实反馈了科研工作中数据处理环节的“堵点、痛点、难点”,有助于生物医学大数据中心构建用户画像,促进生物医学大数据中心在数据资源体系建设、数据分析服务方面提供更高水平的服务。

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