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8月13日下午,中国科学院上海营养与健康研究所所级科学数据中心举办了“人体微生物组数据分析和可视化”培训,旨在帮助科研人员了解和掌握相关技术和工具,以提升自身生物信息分析能力。本次培训由中心资深工程师李强担任主讲人,其为中心微生物组学分析云平台(integrated Microbiome Analysis Cloud,简称iMAC)负责人,主要研究方向为微生物组学云分析流程开发及搭建、大数据分析算法开发等。

李强首先向学员们介绍了人体微生物组的研究进展。近年来,肠道微生物组研究领域迅速发展,学术文献数量和研究资金投入均大幅增加,推动该领域进入了黄金时代。饮食与肠道微生物组的相互作用研究取得了显著进展,个性化营养策略逐渐兴起,为代谢性疾病、免疫性疾病等多种疾病的治疗和管理提供了全新的思路。随后,他介绍了微生物组学的研究实践,包括如何获得样品序列信息及测序结果的解读等。最后,他详细介绍了微生物组学分析云平台,该平台是微生物组学数据一站式分析平台,访问地址为https://www.biosino.org/iMAC。

培训过程中,李强以16S rRNA流程为例,带领学员们详细操作了iMAC平台。现场演示引导学员们积极参与,并进行了深入的交流和讨论。此次培训不仅使学员们对微生物组的应用有了更深入的了解,还掌握了iMAC平台的实际操作。这将进一步提升学员们对所级科学数据中心提供的常规生物信息分析服务的了解,为科学研究工作提供有力支持。

营养与健康所所级科学数据中心将持续举办相关主题的培训活动,以帮助更多的科研人员了解中心提供的保全、保供、增值、定制等四类服务。同时,所级科学数据中心还设计了相关的调研问卷(详见文末二维码),诚邀科研人员提出宝贵的意见和建议,以便进一步优化和提升服务质量。通过与科研人员的积极互动和反馈,中心将不断改进服务流程,提升技术支持质量,为进一步满足科研需求提供更加优质的服务。


李强工程师作培训报告

关于iMAC平台:

iMAC是一个集成的、公开免费且友好的微生物组分析云平台,旨在系统、全面地分析16S rRNA扩增子和宏基因组的原始数据。用户只需要上传数据,选择感兴趣的流程,并根据需求灵活调整默认参数,任务就会自动提交到云端进行处理,最终结果以在线交互式图形和详细PDF报告等文件呈现。iMAC平台支持的分析流程包括:16S rRNA 流程、mWGS-reads流程、mWGS-MAG流程和mWGS-assembly流程。此外,iMAC还提供用于进一步分析的高级工具。 16S rRNA流程基于Qiime2,主要包括物种多样性研究、差异菌群研究和差异功能研究。

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