12月19日下午，中国科学院上海营养与健康研究所所级科学数据中心举办了“空间转录组多模态数据可视化”培训。此次培训旨在帮助科研人员了解和掌握空间转录组技术、数据分析、可视化技术等。中心资深工程师曹瑞芳担任主讲人，她在多维组学数据管理及可视化方向工作方面具有丰富经验，并在Nucleic Acids Res, Science bulletin, Molecular biology and evolution等杂志发表论文10余篇。

SMDB（Spatial Multimodal Data Browser）是所级科学数据中心开发的空间转录组数据多模态可视化工具，于5月22日在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表。SMDB（https://www.biosino.org/smdb）工具支持研究人员对空间转录组等多模态数据在二维和三维空间中进行交互式探索。在二维空间中，通过加载H&E染色图像、基于基因表达的分子簇等，实现二维切片的分割以及基因表达特征边界的识别，进而推动组织构成的分析。在三维空间中，为研究人员提供灵活过滤采样点重建形态学可视化，同时还可利用高分辨率的分子亚型扩展解剖结构的精度。为了提升用户体验，SMDB提供了可定制的工作空间，用于互动探索组织中的空间转录组采样点。此外，还预置了国际知名脑科学研究机构Allen Institute的小鼠大脑解剖图集，为鼠脑形态学研究提供方便快捷的参考，同时也为研究空间形态学和各种组织的生物功能之间的复杂关系提供了一个全面有效的一站式解决方案。

本次培训，曹瑞芳首先介绍了空间转录组技术、数据分析、可视化工具SpatialLIBD、Giotto的背景知识，随后详细介绍了SMDB的相关技术，并进行了在线演示。学员们积极参与，踊跃发言，并与曹瑞芳就SMDB二维可视化配准问题、可接收的数据类型等问题进行了深入交流和讨论。此次培训使学员们更深入地了解了所级科学数据中心提供的空间转录组多模态数据可视化服务，并为科学研究提供了有力支持。

营养与健康所所级科学数据中心将继续举办相关主题的培训活动，以帮助更多的科研人员了解中心提供的保全、保供、增值、代理等四类服务。同时，所级科学数据中心也欢迎科研人员提出宝贵意见和建议，以进一步完善和提升服务质量。通过与科研人员的积极互动和反馈，中心将不断改进服务流程和技术支持，以满足科研人员的需求，为科研人员提供更加优质的服务。

曹瑞芳工程师作培训报告