近期，国际学术期刊HEPATOLOGY正式发表了营养与健康所李虹研究组的综述文章“Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology”。文章系统介绍了前沿的单细胞技术及空间组学技术，详细论述了这些技术在肝脏研究的前沿进展，总结归纳了相关计算生物学策略，并对未来的发展方向提出了新思考（图1）。
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing)及空间组学(spatially resolved techniques)作为新兴技术，已被越来越多地运用于肝脏研究，极大地推动了领域的发展。随着肝脏单细胞及空间数据的积累，计算生物学分析策略及工具也不断丰富及完善，展现出了多元特征。多样化的实验及分析方案加快了肝脏研究的进程，但也为设计目的导向型的单细胞或空间组学实验及策略提出了新的挑战。
文章首先介绍了多种前沿单细胞组学实验技术及空间组学实验技术，凝练总结了常见的应用场景，深入探讨了这些新兴技术应用于肝脏样本可能产生的问题及潜在的实验或计算生物学解决方案。接下来，文章按照肝脏生物学研究子领域，依次呈现了单细胞技术以及空间组学技术应用于肝稳态维持、肝脏发育、肝再生、非酒精性脂肪肝病以及肝癌的研究，重点阐述了这些新兴技术在肝脏单细胞图谱构建、罕见细胞类型识别、疾病相关细胞亚型鉴定、细胞轨迹重塑和细胞状态转变关键因子挖掘、细胞间相互作用、肝脏空间结构解析、潜在药靶挖掘等方面的前沿进展。最后，文章对当前单细胞及空间组学技术在肝脏方面运用存在的挑战以及未来可能的发展方向做出了展望。该文章为读者全面了解单细胞及空间组学技术在肝脏中的应用提供了途径，能够帮助读者快速把握单细胞及空间组学新兴技术的核心分析思路，系统了解细胞亚群和空间结构在肝脏发育、再生和疾病中的作用，启发读者设计针对肝脏生物学问题需求的单细胞或空间组学实验及分析策略。
中国科学院上海营养与健康研究所博士后林平为该论文第一作者，李虹研究员为该论文通讯作者。该工作得到了中科院上海营养与健康研究所李于研究员、章海兵研究员，清华大学古槿教授的大力支持；同时得到科技部重点研发计划、国家自然科学基金等项目的资助。
图1、单细胞以及空间组学技术在肝脏研究中的常见应用场景及总体分析思路
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【通讯作者简介】
李虹，中国科学院上海营养与健康研究所，研究员，博士生导师，系统生物学研究组组长。国家优青获得者，中科院青促会优秀会员。研究组深耕肿瘤系统生物学，发展多组学数据整合的人工智能方法以及单细胞和空间组学数据解析方法，并应用于肿瘤和纤维化相关的靶点筛选、个体化治疗和机制探索。研究组长李虹在国际有影响力期刊上发表研究论文60余篇(Cancer Cell, Cell Stem Cell, Genome Biology, Hepatology, Genome Medicine, Briefings In Bioinformatics, Bioinformatics等)，主持国家自然科学基金项目、上海市项目和中科院项目多项。研究组根据发展需要，现面向国内外招聘博士后数名，诚邀具有生物信息学、数学、或计算机科学等相关背景的优秀青年学者加入（lihong01@sinh.ac.cn）。
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