李虹

李虹

博士
系统生物学研究组组长

邮箱: lihong01@sinh.ac.cn

电话: +86-21-54920079

研究组网站: https://lihonglab.github.io

所属部门: 中国科学院计算生物学重点实验室

个人简历

2021-至   今:中国科学院上海营养与健康研究所,研究员
2020-2021年:中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所,研究员
2014-2019年:中国科学院上海生命科学研究院,副研究员
2013-2014年:中国科学院上海生命科学研究院,助理研究员
2010-2013年:美国系统生物学研究所,博士后
2005-2010年:中国科学院上海生命科学研究院,生物信息学博士
2001-2005年:中南大学,信息与计算科学学士
  

研究方向

系统生物学

研究内容

(1)整合多模态数据的人工智能方法,应用于疾病标志物筛选、肿瘤个体化用药和计算病理研究。

(2)单细胞和空间组学分析方法,应用于解析肿瘤和肝脏疾病的微环境,鉴定新细胞亚型和细胞状态改变的关键基因、分析细胞空间分布和相互作用。

(3)癌症基因组图谱和演化:研究癌症发生发展过程中基因组图谱的变化,重构癌症的进化路径,并寻找关键基因。
  

代表论著(#第一作者,*通讯作者)

1. Yang J#, Lin P#, Yang M#, Liu W, Fu X, Liu D, Tao L, Huo Y, Zhang J, Hua R, Zhang Z*, Li Y*, Wang L*, Xue J*, Li H*, Sun Y*. Integrated genomic and transcriptomic analysis reveals unique characteristics of hepatic metastases and pro-metastatic role of complement C1q in pancreatic ductal adenocarcinoma. Genome biology 2021;22(1):4.

2. Feng F, Shen B, Mou X, Li Y, Li H*. Large-scale pharmacogenomic studies and drug response prediction for personalized cancer medicine. J Genet Genomics 2021;48(7):540-551.

3. Hu B#, Li H#, Guo W, Sun YF, Zhang X, Tang WG, Yang LX, Xu Y, Tang XY, Ding GH, Qiu SJ, Zhou J, Li YX, Fan J, Yang XR. Establishment of a hepatocellular carcinoma patient-derived xenograft platform and its application in biomarker identification. Int J Cancer 2020 Mar 15;146(6):1606-1617.

4. Qiu Z#, Li H#, Zhang Z#, Zhu Z, He S, Wang X, Wang P, Qin J, Zhuang L, Wang W, Xie F, Gu Y, Zou K, Li C, Li C, Wang C, Cen J, Chen X, Shu Y, Zhang Z, Sun L, Min L, Fu Y, Huang X, Lv H, Zhou H, Ji Y, Zhang Z, Meng Z, Shi X, Zhang H*, Li Y*, Hui L*. A Pharmacogenomic Landscape in Human Liver Cancers. Cancer Cell 2019 Aug 12;36(2):179-193.e11.

5. Li W#, Yang L#, He Q, Hu C, Zhu L, Ma X, Ma X, Bao S, Li L, Chen Y, Deng X, Zhang X, Cen J, Zhang L, Wang Z, Xie WF, Li H*, Li Y*, Hui L*. A Homeostatic Arid1a-Dependent Permissive Chromatin State Licenses Hepatocyte Responsiveness to Liver-Injury-Associated YAP Signaling. Cell stem cell 2019 Jul 3;25(1):54-68.e5.

6. Cheng J#, Wei D, Ji Y, Chen L, Yang L, Li G, Wu L, Hou T, Xie L, Ding G, Li H*, Li Y*. Integrative analysis of DNA methylation and gene expression reveals hepatocellular carcinoma-specific diagnostic biomarkers. Genome Med 2018 May 30;10(1):42.

7. Li J, Yao Q, Feng F, He S, Lin P, Yang L, Yang C, Li H*, Li Y*. Systematic identification of rabbit LncRNAs reveals functional roles in atherosclerosis. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis 2018 Jun;1864(6 Pt B):2266-2273.

8. Hu H#, Li H#, Jiao F, Han T, Zhuo M, Cui J, Li Y*, Wang L*. Association of a novel point mutation in MSH2 gene with familial multiple primary cancers. J Hematol Oncol 2017 Oct 3;10(1):158.

9. Xiao Q, Sun Y, Dobi A, Srivastava S, Wang W, Srivastava S, Ji Y, Hou J, Zhao GP, Li Y*, Li H*. Systematic analysis reveals molecular characteristics of ERG-negative prostate cancer. Sci Rep 2018 Aug 27;8(1):12868.

10. Li H#, Glusman G, Hu H, Caballero J, Hubley R, Witherspoon D, Guthery SL, Mauldin DE, Jorde LB, Hood L, Roach JC*, Huff CD*. Relationship Estimation from Whole-Genome Sequence Data. PLoS Genet 2014 Jan 30;10(1):e1004144.

11. Li H#, He Y#, Ding G, Wang C, Xie L*, Li Y*. dbDEPC: a database of differentially expressed proteins in human cancers. Nucleic Acids Res 2010 Jan;38(Database issue):D658-D664.