技术支撑平台

  
  中科院营养与健康研究院所级公共技术服务中心(简称所级中心)是2016年底在原营养科学研究所、健康科学研究所、计算生物学研究所三个研究所公共技术服务中心基础上整合组建而成。所级中心根据营养与健康院科研需求,不断吸纳与学科发展密切相关的高精尖实验技术,以建立与先进技术相结合的应用基础生物学技术平台为发展方向,以大型专用仪器、高精尖仪器配置为主体,以结构合理、技术精湛的技术队伍为技术基础,力求仪器设备与人才的技术融合统一,实现高通量、高效率、高质量的技术服务宗旨。目前所级中心的发展目标是进一步推进仪器共享共用及管理机制改革,建设国际领先、具有上海区域特色的人口健康前沿研究公共技术服务平台,通过所级中心技术能力的不断提升,为科研工作的持续发展提供有力的技术支撑与服务。    

所级中心目前包括以下三个技术平台:

1.公共测试技术平台:立足营养代谢、干细胞、肿瘤、免疫四大科研方向,设置有从分子细胞到整体动物及人体的比较完善的实验设备及技术。目前有16名技术人员,其中包括博士4名,硕士6名,合计高级职称8人。平台由4个子平台组成:

1)质谱技术子平台:进行代谢组学、蛋白质组学分析测试、生物小分子测试、食品营养分析、药物开发、营养干预、食品安全等相关实验工作。主要设备如下:

 

纳升液相色谱-高分辨率质谱仪

Orbitrap Velos Pro

电感耦合等离子质谱仪

Agilent 7700X

液相色谱质谱联用仪

4000 Q Trap

三级四极杆串联液质联用仪

Thermo Finnigan TSQ VANTAGE

人体营养代谢分析系统

IsoPrime100

高分辨液质联用仪

TripleTOF 6600

气相色谱质谱联用仪

6890N-5975B inert XL EI/CI MSD

 

联系人: 李紫      电话: 54920929

2)分子生物学与生物化学技术子平台:可完成疾病基因遗传学测试、代谢组学、蛋白质组学分析测试等实验内容,以及药物开发、营养干预、食品安全等相关实验工作。主要设备如下:

 

荧光定量PCR

7900HT

实时定量PCR

AB7900

高通量基因谱分析系统

nCounter Analysis System

实时定量PCR

Roche 480

荧光定量PCR

ABI 7900-384

高通量荧光定量

ABI Q7

多功能酶标仪

PE EnSpire

荧光定量PCR

MX3000P-96

荧光定量PCR

StepOnePlus

高通量荧光定量PCR

VIIA7

多功能酶标仪

BioTek Synergy

全自动核酸提取仪

Qiagen

长片段单细胞文库构建仪

Genomics 10X

 

联系人: 赵峰          电话: 54920938

 

3)细胞分析技术子平台:包括流式细胞实验室、生物显微成像实验室及干细胞技术实验室。为用户提供干细胞、细胞分选、细胞分析、细胞形态、细胞功能等相关技术服务。主要设备如下:

 

流式细胞分选仪

MOFLO ASTRIOS

流式细胞分选仪

Beckman Moflo Astrios

高速流式细胞分选仪

BD SORP FACSAria

多功能分析型流式细胞仪

BECKMAN

分析型流式细胞仪

Gallios

流式细胞分选仪

BD FACS Aria_

流式细胞分析仪

Quanta SC

流式细胞分选仪

Beckman Moflo EQ

流式细胞分析仪

BECKMAN

流式细胞分析仪

BECKMAN

单分子监控工作站

Zeiss LSM880NLO FLIM

间充质干细胞分离培养系统

660E

高速/高分辨率活细胞工作站

Cell Observer

多维度细胞定量检测系统

Operetta

微毛细管细胞分析系统

Guava 12HT

实时细胞代谢分析系统

XF24

高内涵细胞成像分析仪

ArrayScan VTI Infinity

 

联系人:  缪祥、邱琳(流式)     电话: 54923323 、54920936

4)生物样本病理分析子平台:建有符合国际标准的高质量的肿瘤样本库,该样本库由肿瘤石蜡标本库、冰冻组织库、标本信息库、PDX模型(Patient-derived Xenograft,直接将来源于肿瘤患者新鲜肿瘤组织接种于免疫缺陷小鼠)和脐带来源间充质干细胞库组成,以及与之相配套的病理标本制作、染色、观片等一系列病理技术系统。主要设备如下:

 

高通量生物组织处理分析系统

Vectra 2

病理切片自动处理系统

Thermo

 

联系人:  孙卫红     电话: 54971225

 

2.实验动物平台:提供专业的实验动物服务,包括:实验动物饲养管理、动物实验仪器操作指导、实验动物相关培训、小鼠生物净化等;为科研人员提供专业的动物实验技术支持,包括:动物实验技术咨询、动物实验操作指导,转基因小鼠繁育指导、平台大型仪器操作指导、SPF级动物房使用管理、实验动物福利伦理的指导等工作。实验动物平台现有一支专业化的技术队伍,在编职工18人,全部有大专以上学历,其中高级职称2人,中级职称4人,初级12人。目前动物平台共有SPF级大小鼠实验动物设施4个,小鼠笼位13000个,大鼠笼位100个,分别位于岳阳路320号园区和漕宝路500号园区。平台主要设备如下:

 

设备名称

型号

联系人

电话

小动物X光数字成像系统

X光成像

王恺

54923329

小动物活体成像系统

LB983 NC100

王恺

54923329

超高分辨率小动物超声影像系统

vevo2100

王恺

54923329

超高分辨率小动物超声影像系统

Vevo2100

王诚

郁丽丽

5492054154920755

小动物显微成像仪

 

王诚

郁丽丽

5492054154920755

小动物心血管功能检测分析系统

DSI/ Moor

郁丽丽

54920755

台式核磁分析仪

Minispec mq10

王诚

54920541

小动物体成分核磁分析仪

Bruke

翁忠辉、

郁丽丽

5492053854920755

小鼠代谢分析系统

CLAMS-8

王诚

54920541

自动化小鼠新陈代谢监测系统

CLAMS-16

翁忠辉、

郁丽丽

5492053854920755

免疫实验动物全面检测系统

CLAMS-16

王恺

54923329

 

3.计算生物学实验技术平台(暂名):所级中心为支持营养与健康院生物医学大数据中心的科研发展,根据生物医学大数据中心的科研需求特点,设立计算生物学实验技术平台,对生物医学大数据中心的科研工作给与重点支持。平台有8名技术人员,由三个子平台组成:

1)多维组学数据子平台:旨在提供优质多元的高通量测序服务,获取海量的原创生物数据。以高通量、快速、长片段以及单细胞测序为特色,构建一个完整的从低成本建库、测序到计算处理的流程,以满足营养与健康院以及其他兄弟研究单位各类不同的测序以及计算处理的需求。

 

高通量测序仪

illumina Hi-seq 2000

二代快速测序仪

illumina NextSeq500

纳米孔长片断测序仪

Oxford Nanopore

单细胞自动制备系统

Genomics 10X

 

联系人:  信长鹏    电话:  54920545

2Uli Schwarz量化生物学质量控制子平台:前身为“马普客座实验室”,该客座实验室由Uli Schwarz教授于1985年创立。重点为营养与健康院以及其他兄弟研究单位提供数据建模所需要的各类基因、表型、表达、代谢、模式动物衰老、人脸图像、组织三维重构立体图像等高通量实验数据,并为“干性”数据建模提供高通量的湿性验证条件。

To commemorate Prof. Dr. Uli Schwarz and his great contribution to Sino-German scientific collaboration, the public central lab of PICB, which was built upon the former Max-Planck Guest Lab founded by him in 1985, was renamed as the Uli Schwarz Quantitative Biology Core Facility. This Core facility mainly supplies high throughput genetic, phenotypic, metabolic data and the data of aging, face imaging, big tissue 3D imaging for computational modeling and analysis. It also provides wet lab infrastructure to verify the dry data modeling.

 

荧光实时定量PCR

Roche LC480

高通量基因分析系统

Fluidigm Biomark HD

多功能酶标仪

Bio-Tek Synergy H1

高通量代谢酶学平台

PE Janus 8

微流控芯片技术平台

ABM/6/350/DCCD/M;EMCCD Evolve 512

高效超声破碎仪

Covaris S220

3D多用途成像系统

Visio Sphere 3D+

活细胞工作站

ZEISS Axio observer Z1

激光显微切割系统

ABI Arcturus XT

双光子激光扫描共聚焦显微镜

Zeiss LSM 880 NLO

激光层照显微成像系统

Zeiss lightsheet Z1

 

联系人: 陈瑜洁    电话: 54920415 

3)高性能存储与计算子平台:由计算生物学研究所建设,于2005年正式成立,是上海生命科学研究院唯一专门致力于文件存储服务、计算资源服务、弹性web托管服务以及服务器托管服务的“干性”支撑平台,也是中国科学院上海地区唯一服务于计算生物学研究的大规模高速计算机集群平台,在上海地区处于领先位置。该平台为当今海量的组学数据以及表型、图像数据提供了存储与计算性能的保障。

The high performance storage and computing platform at PICB is one of the earliest HPC platform established for studying computational biology in SIBS,CAS. It is the only support platform dedicated to file storage services, computing resource services, flexible web hosting services and server hosting services in SIBS. There are over 100 computing nodes provided inside the HPC cluster, and the peak performance is close to 50 TFLOPS . The cluster equip over general computing nodes, 2TB big memory computing nodes, GPU accelerating nodes and all of these equipment deliver super computing power which directly support scientific research. There are serveral sets of NAS that provide more than 5PB storage space . The platform provides storage and computing performance guarantee for massive omics and phenotypic and image data storage and analysis.

 

联系人:  马良宵    电话: 54920468